人間ドックは、公益社団法人日本人間ドック学会などが定めた検査項目に沿って実施されます。基本的な人間ドックと同時に、健診施設によっては、次のようなオプション検査を実施しています。
・子宮がん検診（子宮頸がん細胞診・子宮体がん細胞診・子宮超音波検査）
・乳がん検診（マンモグラフィー・超音波検査）
・MRI／MRA（磁気共鳴画像撮影）検査
・CT（コンピュータ断層撮影）検査
・PET（陽電子放射断層撮影）検査
・骨密度検査／遺伝子検査／認知症検査など
またそのほかにも、臓器ごとに特化した検診（下記参照）も広く実施されています。
・脳ドック
頭部に特化した人間ドックでは、自覚症状がほとんどないまま進行する脳梗塞、脳動脈瘤の有無など脳の血管障害のほか、脳腫瘍、脳委縮の有無をチェックします。
頭部MRI検査／頭部MRA検査を実施する場合がほとんどです。また、動脈超音波（エコー）検査を並行して実施し、動脈硬化の程度も調べます。
MRI／MRA検査は強力な磁気を使用するため、ペースメーカーなどを使用している人は受診できません。インプラントなども影響する可能性がありますので、事前に健診施設に問い合わせる必要があります（CTを使う健診施設もあります）。
・レディースドック
女性に特化した健診です。乳房・子宮・卵巣など、女性特有の疾患をチェックします。
・メンズドック
男性特有の臓器である前立腺（前立腺がん・前立腺肥大）をチェックします。採血、触診、超音波（エコー）検査を用いるため、受診者にあまり負担をかけない検査です。近年は50歳以上の男性で、前立腺がんの危険性が高まっており、尿漏れや尿の切れなどに悩んでいる人にはおすすめです。
・心臓ドック
心電図・心臓超音波検査・MRI／MRA・血液検査などによって状態を把握する、心臓に特化したドックです。
MRI／MRAでは、造影剤はいっさい使用しませんが、血糖降下剤を服用しているなら、かかりつけ医への相談が必要となります。また、ペースメーカーなど金属を身体に植え込んでいる人や閉所恐怖症の人はMRI/MRAの受診は不可能です。