人間ドックは一般的な健康診断より検査項目も多く、詳しく検査します。しかし、“すべてを”検査しているわけではないということです。
通常の人間ドックでは、空腹時の血糖値やHbA1C、尿糖を測定することで、糖尿病の有無を調べます。しかし、糖尿病のうち（体質や高カロリー食、高脂肪食、運動不足などが原因となる）2型糖尿病では、空腹時血糖値は正常であっても、食後の血糖値が異常に高くなることがあります。
こうしたケースの糖尿病は、人間ドックでは発見できないのです。
ほかの疾患においても、たとえばCTやMRI/MRAなどの画像診断は、読影を担当する医師の経験にも左右されます。また、検査機器の性能によっては、小さな病巣は発見できないこともあり得ます。