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人間ドックは自由診療ですので、保険は適用されません。ただし、人間ドックを受診した結果、再検査・要精密検査を受診する場合の費用は、保険が適用されます。

また、健康保険組合や自治体によっては、人間ドック受診に助成金を給付している例があります。受診の結果、治療が必要となった場合、治療費には保険が適用されます。

このとき、人間ドックの受診費用の自己負担分は、所得税の医療費控除を受けることができます(領収書の保管がおすすめです)。ただし、助成金を受けて受診した場合に限ります。全額自己負担で受診した場合は控除対象外です。