人間ドックを実施している健診施設の規模は、総合病院やクリニック、診療所などさまざまです。
「日本人間ドック学会」・「日本総合健診医学会」や「全日本病院協会」など各学会が定める（精度管理やフォローアップなどの）項目に合格して初めて、人間ドック認定施設と標榜できます（各学会のホームページに健診施設名等が掲示されていますので、人間ドック受診に際して参考にされるのもよいです）。
人間ドックを選ぶときのポイントとしては、具体的に次の項目があげられます。
1.人間ドック施設として、理念や基本方針・個人情報保護等がホームページ等に掲示されている。
2.人間ドック施設として質が担保されている。（精度管理や感染マニュアル・接遇研修等）。
3.人間ドック施設として、健診フロアーや各検査室に於いてプライバシーが保護されている。
4.外来患者と交差することのない人間ドック専門施設である。
5.受診したいオプション検査を実施している。
6.フォローアップや要精密検査などの専門施設と連携が取れている。
7.人間ドックを受診した友人や同僚に評判を聞いてみる。
8.画像関係はダブルチェック（2名の専門医による判定）がなされている。
できれば毎年同じ健診施設の人間ドックを受診することが、経過観察の面で望まれます。ただし、日本人間ドック学会の機能評価認定施設で人間ドックを受診した場合、各検査項目の基準値や判定基準が定められていますので、転勤などにより他の地域に移動した場合も、自身で過去のデータと比較が可能です。
ほかにポイントとしては、専門的な検査を追加したい場合があります。事前に健診施設の検査項目（検査コースのメニューなど）を確認しておいたほうがよいです。
また、優秀なスタッフの存在もポイントです。同じ検査画像を見ても、そこから病気の有無を発見できるかどうかは、検査技師と医師の知識・経験によります。受診を考えている健診施設の口コミなども調べておくとよいです。