便に血液が混じっているかどうかを調べる検査です。便を2回とって調べます。陽性（＋）の場合、大腸がん、潰瘍性大腸炎、大腸ポリープなどが疑われます。
消化器からの出血を発見する検査であり、目で見てもわからない程度のわずかな出血でも陽性（異常）となります。自宅あるいは医療機関で便を採取して、指定の容器に入れて提出します。1回のみでは不確実なため、多くの施設では2回以上検体を提出します。
口から肛門までの食事の通り道を消化器とよびます。具体的には口腔→咽頭→食道→胃→十二指腸→小腸→大腸（結腸、直腸）→肛門という道のりです。便潜血検査では主に大腸と肛門からの出血で陽性（異常）となります。大腸がん、大腸ポリープ、潰瘍性大腸炎、痔、裂肛などで陽性になります。
大腸がんは進行したがんだけでなく、早期のがんでも出血をきたすため、便潜血反応が陽性（異常）となります。
したがって、便潜血検査は大腸がんの早期発見に非常に有用といえます。また、進行した食道がんや胃がんなどで出血の量が多い場合は、便潜血反応が陽性（異常）になることもあります。
注意点
便の検体は不安定です。採取してから時間がたつと、便に血液が混じっていても陰性（異常なし）になってしまうことがあります。採取後はすみやかに提出するように心がけましょう。